Зайдя домой, Исигами находит в комнате с зажжёнными свечами труп жены. А следом в квартиру вламывается двое неизвестных, но Исигами удается сбежать. Находясь в бегах, он встречает корейскую журналистку Кан Джи-вон, и она соглашается ему помочь. Мужчина крайне удивлен тем, что свободно говорит по-корейски, ведь он уверен, что не знает языка, да и воспоминания какие-то смутные....

Сюжет развивается в ближайшем будущем в Токио. Террористическая организация объявила войну всему миру. Она владеет более продвинутыми технологиями, чем любые правительства и оккупировала более половины планеты. Доктор Козабуро Намбу из Международной научной организации собирает вместе пять супергероев ниндзя, известных под общим названием «Гатчамен», чтобы остановить эту организацию......